肛瘘一旦形成，就不大可能自然愈合，治疗肛瘘有多种方法，传统的手术、激光、冷冻、挂线等，都不十分理想。有的痛苦大病程长，有的不有效易反复，有的适应症不易掌握或并发症较多。

目前理想的治疗方法是采用较新一代美国进口HCPT全电脑多功能肛肠治疗系统性治疗。该机具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能。治疗过程无疼痛、不出血、快速、有效，不需住院，不影响工作。治疗后反复率极低。这种创口微小治疗是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行创口微小电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到周围的组织里面去，就不会形成感染，疼痛，那样才会治好。其它肛肠疾病如痔疮、肛裂、肛周脓肿等均是十分理想的治疗适应症。

肛瘘除非处于活动期可适当采用yao物治疗，非手术方法则有瘘管内插yao，瘘管内注射硬化剂等。但是临床实践证明了，任何一种非手术方法都不能获得治好的目的。而手术方法患者痛苦大，并发症多如：大便失禁，括约肌损伤等。其实质总不外乎肛瘘的切开或切除术以及挂线方法，都很容易反复。

肛瘘的预防：

肛瘘的预防基本上与痔疮的预防相同。但肛瘘产生的原因有它的特点，肛瘘多是肛周脓肿的后遗症，而肛周脓肿又与肛窦炎和肛腺炎有关。所以，尽量避免发生以及早期治疗肛窦炎和肛腺炎，使不致转变成肛周脓肿，是减少产生肛瘘的重要因素。少吃刺激性食物，不吃质硬的食物，可以减少刺激肛窦、肛腺或摩擦损伤肛窦肛腺而引起炎症。患肛窦炎及肛腺炎时，要及时服用消炎解毒yao物或用消炎yao水，温热坐盆。